如何使用zcat将gzipped压缩fastq文件传递给不支持压缩输入的工具

你之前尝试的进程替换思路是正确的，只是语法写错了——错误写法里用了多余的管道符，zcat直接接压缩文件名作为参数即可，标准写法如下：

mytool -s <(zcat sample.fastq.gz) -f fastq -o output

这个方案的优势非常明显：

• 不需要生成临时解压文件，所有解压操作都在内存中完成，不会占用额外磁盘空间，处理大文件时速度比先解压再删除的方案快很多
• 语法简洁，不需要额外写解压、清理的步骤，批量处理时可以直接嵌入循环

如果你的shell不支持进程替换（比如POSIX标准的sh），或者工具强制要求输入文件后缀为.fastq，可以用命名管道实现相同效果：

# 创建命名管道
mkfifo sample.fastq
# 后台执行解压操作写入管道
zcat sample.fastq.gz > sample.fastq &
# 运行工具读取管道内容
mytool -s sample.fastq -f fastq -o output
# 用完删除管道文件
rm sample.fastq

如果需要同时处理多个压缩文件，可以用循环批量执行：

for fastq_gz in *.fastq.gz; do
    # 去掉.gz后缀生成输出文件名
    output_name="${fastq_gz%.fastq.gz}_result"
    mytool -s <(zcat "$fastq_gz") -f fastq -o "$output_name"
done

补充注意事项：如果是macOS系统，默认的zcat可能无法正常处理gzip压缩的fastq文件，可以替换为gzcat或者gunzip -c，效果完全一致。

内容的提问来源于stack exchange，提问作者Jess