如何按条件批量重命名R列表中存储的多个data frame的列名

原来的rename语法要求指定的旧列名必须存在于当前数据框中，你的列表里不同数据框的丰度列命名不一致，部分数据框不存在你指定的abund/individuals列，所以触发报错。

tidyverse 写法（适配你用到的purrr/dplyr语法） #

用rename_with配合any_of匹配列，any_of只会选择当前数据框中真实存在的列，不存在的列会自动跳过，不会触发报错：

library(tidyverse)

lst_renamed <- lst %>%
  map(function(df) {
    df %>%
      # 把存在的abund、individuals列统一改名为abundance
      rename_with(~"abundance", .cols = any_of(c("abund", "individuals")))
  })

验证结果 #

运行map(lst_renamed, colnames)可以看到所有数据框的丰度列都已统一为abundance：

$spiders
[1] "plot"      "abundance" "habitat"  

$bugs
[1] "plot"      "abundance"

$birds
[1] "plot"      "abundance" "habitat"   "method"   

base R 写法 #

不需要加载第三方包也可以实现：

lst_renamed_base <- lapply(lst, function(df) {
  target_col <- names(df) %in% c("abund", "individuals")
  names(df)[target_col] <- "abundance"
  return(df)
})

内容的提问来源于stack exchange，提问作者Tobias Richter