conda安装R及关联包异常:版本不符、beepr等包安装失败求助
修复默认安装旧版R的问题
conda在解析多包依赖时会优先选择兼容性最高的低版本组合,直接同时安装r-base和r-seurat就会触发该逻辑拉取R3.6.1版本。创建环境时直接指定适配seurat的R稳定版本即可,命令如下:conda create --name test2 -c conda-forge r-base=4.2.* r-seurat
4.2以上的R版本对目前常用的单细胞分析包兼容性更强,也完全满足seurat的版本要求。修复beepr及相关依赖安装失败问题
不要在conda管理的R环境中混用install.packages和conda命令安装R包,两种方式的依赖解析逻辑不同,很容易出现编译失败、版本不匹配的问题。你缺少的所有R包都可以直接通过conda安装预编译版本,激活环境后执行以下命令即可:conda install -c conda-forge r-beepr r-glue r-magrittr r-stringi r-audio
如果后续需要安装conda源中没有的R包,先在环境中安装编译工具链:conda install -c conda-forge r-devtools gcc gfortran gxx,再用R的包安装命令操作即可避免非零退出报错。修复RStudio版本不匹配问题
你收到的图形引擎不兼容警告是本地全局安装的RStudio版本过低,无法适配R4.1+版本的图形接口。直接在当前conda环境中安装适配版本的RStudio即可,激活环境后执行:conda install -c conda-forge rstudio-desktop
后续使用时先激活对应conda环境,再输入rstudio命令启动,就不会出现版本不匹配警告,Plots标签也可正常使用。
内容的提问来源于stack exchange,提问作者Muhammad Elsadany

