如何强制安装适配Python2.7的OBITools及对应历史版本依赖

你遇到的语法报错是get-obitools.py默认拉取了最新版本的依赖包，这类新版本依赖已经完全放弃Python2.7适配，使用了仅Python3支持的语法（比如print带file参数的写法），所以触发语法错误。

方案1：Anaconda安装（优先推荐，自动处理依赖适配） #

• 首先创建纯Python2.7的隔离环境，执行命令：
  conda create -n obitools_env python=2.7
• 激活环境：
  • Linux/macOS执行：conda activate obitools_env
  • Windows旧版CMD执行：activate obitools_env
• 安装指定版本的OBITools，该版本为最后适配Python2.7的稳定版，conda会自动匹配所有兼容Python2.7的依赖：
  conda install -c bioconda obitools=1.2.13

方案2：手动修正脚本安装 #

如果必须使用官方get-obitools.py脚本安装，可以提前预装所有适配Python2.7的依赖版本，避免脚本自动拉取最新包：

• 首先升级pip和setuptools到支持Python2.7的最高版本，执行命令：
  pip install setuptools==44.1.1 pip==20.3.4
• 预安装所有OBITools依赖的适配版本：
  pip install cython==0.29.23 numpy==1.16.6 biopython==1.76 sphinx==1.8.6
• 再执行官方安装脚本即可正常完成安装：
  python get-obitools.py

注意：不要在同一个环境内混用conda和pip命令安装包，全程选择同一种包管理器操作可避免版本冲突

内容的提问来源于stack exchange，提问作者user2120870