如何使用ggplot2修改极坐标堆叠百分比条形图的y轴限值

问题原因 #

使用position = 'fill'绘制百分比堆叠图时，ggplot2会自动将每个分组的总数值归一化到0~1区间，其中数值1对应100%占比。你设置limits = c(0, 100)时，实际数据的最大值仅为1，超出阈值的所有数据都会被判定为无效值丢弃，因此出现报错且图形异常。

解决方法 #

将y轴上限设置为略大于1的数值即可预留出空隙，比如需要预留20%的空隙可以设置limits = c(0, 1.2)。如果需要y轴标签显示为百分比格式，可以配合scales包的百分比格式化函数使用。

修正后完整代码 #

library(ggplot2)
library(ggsci) # 用于scale_fill_nejm
library(scales) # 用于百分比格式化

ggplot(d, aes(Component, Freq, fill = Subtype2)) +
  geom_bar(position = 'fill', stat = 'identity') +
  scale_x_discrete(expand = c(0.03, 0.5)) +
  # 这里limits上限设为1.2预留空隙，labels自动转百分比显示
  scale_y_continuous('Distribution', expand = c(0, 0), limits = c(0, 1.2),
                     labels = percent_format(accuracy = 1)) +
  scale_fill_nejm() +
  guides(fill = guide_legend(title = 'IHC subtype')) +
  coord_polar(theta = 'y') +
  theme(panel.background = element_blank(), 
        plot.background = element_blank(), 
        panel.grid.major = element_blank(), 
        panel.grid.minor = element_blank(),
        axis.line = element_line(size = 0.25),
        axis.ticks = element_line(size = 0.25),
        axis.title = element_text(size = 12),
        axis.text.y = element_text(size = 10),
        axis.text.x = element_text(size = 10))

如果不需要显示百分比标签，直接修改limits = c(0, 1.2)即可，无需引入scales包。

内容的提问来源于stack exchange，提问作者Lin Caijin