谷歌云VM安装docker-ce报错无安装候选，如何部署AlphaFold 2？

该报错是因为系统未添加Docker官方软件源，按以下步骤操作即可解决：

• 先卸载系统内残留的旧版本Docker相关组件

sudo apt-get remove docker docker-engine docker.io containerd runc

• 安装软件源依赖包

sudo apt-get update && sudo apt-get install ca-certificates curl gnupg lsb-release -y

• 导入Docker官方GPG密钥

sudo mkdir -p /etc/apt/keyrings
curl -fsSL https://download.docker.com/linux/debian/gpg | sudo gpg --dearmor -o /etc/apt/keyrings/docker.gpg

• 添加Docker官方软件源

echo "deb [arch=$(dpkg --print-architecture) signed-by=/etc/apt/keyrings/docker.gpg] https://download.docker.com/linux/debian $(lsb_release -cs) stable" | sudo tee /etc/apt/sources.list.d/docker.list > /dev/null

• 重新更新软件源后安装Docker

sudo apt-get update && sudo apt-get install docker-ce docker-ce-cli containerd.io -y

• 验证安装：执行sudo docker run hello-world，正常输出hello-world相关内容即安装成功

首先调整你的VM配置，原有100GB启动磁盘完全无法满足运行需求，先做以下配置调整：

• VM硬件要求：选择带T4/A10G GPU的实例，至少8vCPU、32GB内存，启动磁盘扩容至200GB以上，额外挂载1块2TB容量的持久化数据盘用于存储AlphaFold所需的数据库文件
• 系统选择Debian 11或者Ubuntu 20.04 LTS，避免系统兼容性问题

部署步骤：

1. 安装GPU驱动
   执行GCP官方GPU驱动一键安装脚本，安装完成后重启VM，执行nvidia-smi能正常输出GPU信息即驱动安装成功

curl https://raw.githubusercontent.com/GoogleCloudPlatform/compute-gpu-installation/main/linux/install_gpu_driver.py --output install_gpu_driver.py
sudo python3 install_gpu_driver.py

2. 安装nvidia-docker组件，实现Docker调用GPU

distribution=$(. /etc/os-release;echo $ID$VERSION_ID)
curl -s -L https://nvidia.github.io/nvidia-docker/gpgkey | sudo apt-key add -
curl -s -L https://nvidia.github.io/nvidia-docker/$distribution/nvidia-docker.list | sudo tee /etc/apt/sources.list.d/nvidia-docker.list
sudo apt-get update && sudo apt-get install -y nvidia-docker2
sudo systemctl restart docker

验证：执行sudo docker run --rm --gpus all nvidia/cuda:11.0-base nvidia-smi，正常输出GPU信息即安装成功
3. 拉取AlphaFold官方代码并构建镜像

git clone https://github.com/deepmind/alphafold.git
cd alphafold
sudo docker build -f docker/Dockerfile -t alphafold .

4. 运行AlphaFold
   你可以直接调用谷歌云公开的AlphaFold数据集，无需自行下载完整2TB数据库，仅需修改运行命令中输入fasta文件路径、输出结果路径即可直接运行。

内容的提问来源于stack exchange，提问作者Martin Söderström