Win10开启WSL后R Studio中R Markdown无法调用BASH问题求助

你运行的RStudio属于Windows原生程序，默认仅能识别Windows系统环境变量路径下的可执行文件。你安装的bash归属于WSL Ubuntu子系统环境，未被Windows默认纳入可调用程序范围，因此knitr执行bash代码块时找不到对应可执行文件触发报错。

• 方案1：当前R Markdown文档单独配置
  在文档最开头添加R代码块，指定bash引擎的调用路径：

knitr::opts_chunk$set(engine.path = list(
  bash = "wsl bash"
))

该配置会要求knitr通过Windows自带的wsl命令唤醒子系统内的bash程序执行代码。

• 方案2：适配32位R/RStudio
  如果安装的是32位版本的R/RStudio，受Windows系统路径重定向机制限制，无法直接访问System32目录下的程序，需修改配置为：

knitr::opts_chunk$set(engine.path = list(
  bash = "C:/Windows/Sysnative/bash.exe"
))

• 方案3：全局永久生效
  如果需要所有R Markdown文档默认支持bash代码块，可将上述配置代码添加到用户家目录的.Rprofile文件中，重启RStudio后配置永久生效。

通过WSL调用bash执行代码时，Windows本地磁盘会被挂载到子系统的/mnt/目录下，例如C盘对应路径为/mnt/c、D盘对应/mnt/d，编写代码时需使用Linux格式的路径，避免路径识别错误。

修改配置后先在R控制台执行命令测试：
system("wsl bash -c 'pwd'")
如果能正常输出路径，说明WSL bash调用正常，此时再执行knit操作即可正常生成文档。

内容的提问来源于stack exchange，提问作者CyberGeneticist