如何基于airquality内置数据集绘制仅含前2个主成分的Scree Plot

调整方案 #

你只需要对绘图输入的两个向量都截取前2位即可，修改后可直接运行的代码如下：

cum_cov <- cumsum(PC_cov)
cum_cov
# 输出结果：[1] 0.4119637 0.6034876 0.7613283 0.8912956 0.9622555 1.0000000

# 仅展示前2个主成分的协方差矩阵碎石图
cov_matrplot <- qplot(c(1:2), cum_cov[1:2]) + 
  geom_line() + 
  xlab("主成分") + 
  ylab("累积解释方差") + 
  ggtitle("Scree Plot（碎石图）") + 
  ylim(0,1)
cov_matrplot

改动说明 #

• 原代码x轴取的是全部6个主成分的序号c(1:6)，调整为c(1:2)仅保留前2个主成分的横坐标
• 原代码传入的是全部6个主成分的累积解释方差cum_cov，调整为cum_cov[1:2]仅取前两个值匹配横坐标

如果你需要同时展示单个主成分的方差贡献柱形（标准碎石图的样式），可以在qplot中增加geom参数指定同时绘制线和柱即可。

内容的提问来源于stack exchange，提问作者user15866126