非CRAN包INLA安装报错:Linux集群运行install.packages要求设置CRAN镜像
问题1:集群执行官方安装命令提示未设置CRAN镜像
报错的核心原因是计算集群的R环境默认未配置全局CRAN镜像,getOption("repos")返回的结果中没有有效的CRAN地址,导致安装依赖包时无法拉取CRAN资源。
直接修改安装命令,显式指定可用的CRAN镜像即可,无需依赖全局配置:
install.packages("INLA", repos = c(CRAN = "https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/CRAN/", INLA = "https://inla.r-inla-download.org/R/stable"), dep = TRUE)
如果需要长期使用,也可以把CRAN镜像配置写入集群用户目录下的.Rprofile文件,后续就不用每次装包都手动指定。
问题2:devtools安装得到错误版本号INLA_99.99.9999
INLA的GitHub公开仓库主分支默认使用99.99.9999作为开发版占位版本号,只有官方软件源中的发布版本才使用正常版本号,因此这个安装方案本身不适用,无需继续尝试,直接使用上面修改后的官方源安装命令即可得到正确版本的INLA包。
内容的提问来源于stack exchange,提问作者yrx1702
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