R语言使用ordihull给NMDS图加多边形时参数长度为零报错如何解决

报错信息 #

Error in if (n < 4) return(colMeans(x[-n, , drop = FALSE])) : argument is of length zero

报错原因 #

• ordihull是vegan包中为排序结果生成分组凸包的函数，第一个参数要求传入排序分析的结果对象（如metaMDS生成的m3），或者完整的坐标矩阵+明确的分组参数groups
• 原调用仅传入了两个单独的坐标列，没有指定分组变量，函数无法识别按什么维度生成凸包，导致内部计算时输入为空触发报错

可行解决方法 #

方法1：直接传入metaMDS结果对象+分组变量 #

将原来的ordihull调用替换为以下代码即可：

ordihull(m3, groups = mdat$site, label=T,
     lwd=2, draw="polygon", col= c("blue", "red", "green"))

方法2：传入坐标矩阵+分组变量 #

如果要直接传入计算好的NMDS坐标，写法如下：

ordihull(mdat[,c("MDS1","MDS2")], groups = mdat$site, label=T,
     lwd=2, draw="polygon", col= c("blue", "red", "green"))

可选优化：添加半透明填充 #

如果需要阴影多边形效果，可调整颜色透明度：

library(scales)
ordihull(m3, groups = mdat$site, label=T,
     lwd=2, draw="polygon", col= alpha(c("blue", "red", "green"), 0.3))

内容的提问来源于stack exchange，提问作者Terrible_Coder