R ggplot2指定代码运行后geom_text显示在geom_point、geom_line下层的问题

问题原因 #

ggplot2的图层渲染顺序遵循代码编写顺序，先定义的图层位于下层，后定义的图层位于上层。你当前代码先定义了geom_text，之后才定义geom_line和geom_point，因此线和点会覆盖在文本上层，导致文字被遮挡。

修复方案 #

将geom_text的代码挪到所有几何图层的最后即可，同时注意你代码中存在一处小问题：Sepal.Length是连续变量，原代码用scale_x_discrete会导致X轴显示异常，建议替换为scale_x_continuous。
修复后的完整代码如下：

library(ggplot2)
library(scales) # trans_breaks、trans_format函数依赖该包，需提前加载

p <- ggplot(iris, aes(Sepal.Length, Petal.Length, group = Species, color = Species)) +
    geom_line(size = 1.25) +
    geom_point(size = 2.25) +
    # geom_text移至所有几何图层的最后，保证位于最上层
    geom_text(aes(y = Petal.Length, x = Sepal.Length, label = Petal.Length), inherit.aes = FALSE) +
    
    theme_bw(base_size = 14) + 
    theme(axis.text.x = element_text(angle = 45, hjust = 1), legend.position = "right") + 
    scale_x_continuous(breaks = waiver()) +
  
    scale_y_continuous(trans='log10',
                       breaks=trans_breaks('log10', function(x) 10^x),
                       labels=trans_format('log10', math_format(10^.x)) ) + 
    ylab("Petal.Length (logarithmic scale)")
  
p

可选优化 #

如果希望避免文本和点完全重叠影响可读性，可以给geom_text添加nudge_y参数让文本小幅向上偏移，示例：
geom_text(aes(y = Petal.Length, x = Sepal.Length, label = Petal.Length), inherit.aes = FALSE, nudge_y = 0.03)

内容的提问来源于stack exchange，提问作者Aku-Ville Lehtimäki