R中将非图形数据与图表生成PDF报告及reprex找不到函数问题咨询

整合控制台输出与图表到同一份PDF #

完全可以实现，最简便的方案是使用R Markdown完成，操作步骤如下：

• 打开RStudio，点击左上角「File - New File - R Markdown」，在弹出窗口的Output Format选项中选择PDF，点击确定生成模板文件
• 把模板里的示例内容删除，在第一个代码块（通常以{r setup, include=FALSE}开头）中添加加载你自定义函数的代码：要么直接粘贴compound_report的完整定义，要么用source("存储该函数的R文件路径.R")加载外部存好的函数
• 新建代码块，写入你要运行的代码compound_report("aromadendrene")，不需要额外调整代码块参数，默认就会自动捕获控制台的文本输出、以及生成的图表
• 点击编辑器顶部的「Knit」按钮，等待运行完成后就会自动生成同时包含所有文本数据和图表的PDF文件

如果不想用R Markdown，也可以通过sink()函数捕获控制台文本输出，同时用pdf()图形设备导出图表，之后再用排版工具整合，但效率远低于R Markdown方案。

reprex报错原因及解决方法 #

reprex运行时会启动独立的干净R会话，你当前RStudio全局环境里定义的compound_report函数不会被自动带入该会话，所以才会提示找不到函数。
要复现问题你需要：

• 把compound_report函数的完整定义复制到你要运行的reprex代码的最前面，或者
• 先把函数保存为单独的.R文件，在reprex代码开头添加source("函数文件的完整路径.R")加载函数

你遇到的报错代码如下：

compound_report("aromadendrene")
#> Error in compound_report("aromadendrene"): could not find function "compound_report"

函数正常运行的效果截图：

内容的提问来源于stack exchange，提问作者Phenomniverse