Nextflow如何指定scratch输出目录及递归输出完整目录？

是可以将完整目录直接指定为输出的，Nextflow会自动递归复制整个目录的所有内容（包含子目录、子文件）从scratch到storeDir，无需额外配置递归参数。

具体配置方法如下：

• 在process的output指令中直接指定你任务生成的目录路径即可，只要路径匹配到的是目录结构，Nextflow会自动识别并执行递归复制。
• 你已经用到的scratch、stageOutMode、storeDir指令不需要做特殊调整，按原有需求配置即可。

下面是完整的配置示例：

process dir_output_demo {
    // 配置任务执行使用的scratch目录
    scratch '/local/scratch/nextflow'
    // 配置文件转出模式，可根据需求选择copy/move/link
    stageOutMode 'copy'
    // 配置最终结果的持久化存储目录
    storeDir '/data/your_project/final_results'

    output:
    // 直接指定要输出的目录，示例中为任务运行时生成的名为output的目录
    path "output"

    script:
    // 示例脚本：生成多层目录结构的output目录
    '''
    mkdir -p output/sample/raw_qc output/sample/alignment
    echo "qc report" > output/sample/raw_qc/qc.html
    echo "bam file" > output/sample/alignment/sorted.bam
    '''
}

补充说明：如果需要匹配多个目录输出，可以使用通配符规则，比如path "*/result/"会匹配所有第一层子目录下的result目录，全部递归复制到storeDir。

内容的提问来源于stack exchange，提问作者Botond