conda环境RStudio加载Seurat包缺失GLIBCXX_3.4.26无sudo权限求解决

方法1：临时指定动态库搜索路径启动RStudio #

每次使用前在终端按顺序执行以下操作即可：

• 首先激活目标conda环境
  conda activate test2
• 将conda环境的lib目录添加到动态库搜索路径的最优先级
  export LD_LIBRARY_PATH=/wdata/msmuhammad/workbench/miniconda3/envs/test2/lib:$LD_LIBRARY_PATH
• 在当前终端窗口启动RStudio
  rstudio

验证：启动RStudio后在控制台执行system("echo $LD_LIBRARY_PATH")，输出首位为上述conda环境的lib目录即配置生效，此时加载Seurat包即可正常运行

方法2：固化配置无需每次手动输入 #

如果不想每次启动都执行命令，可任选以下一种方案固化配置：

方案A：修改R启动配置文件 #

在conda环境激活状态下打开R控制台，执行命令找到用户配置文件路径：
Sys.getenv("R_PROFILE_USER")
如果文件不存在就手动新建，在文件末尾添加如下内容：
Sys.setenv(LD_LIBRARY_PATH = "/wdata/msmuhammad/workbench/miniconda3/envs/test2/lib:${LD_LIBRARY_PATH}")
保存后重启RStudio即可永久生效。

方案B：创建自定义RStudio启动脚本 #

新建文本文件命名为rstudio_test2.sh，写入以下内容：

#!/bin/bash
conda activate test2
export LD_LIBRARY_PATH=/wdata/msmuhammad/workbench/miniconda3/envs/test2/lib:$LD_LIBRARY_PATH
rstudio

给脚本添加执行权限：
chmod +x rstudio_test2.sh
后续需要使用对应环境的RStudio时，直接运行该脚本即可。

生效验证 #

配置完成后在RStudio控制台执行：
system("strings /proc/$PPID/maps | grep libstdc++.so.6")
输出路径显示为conda环境内的libstdc++.so.6即为配置成功，不会再报GLIBCXX版本缺失错误。

内容的提问来源于stack exchange，提问作者Muhammad Elsadany