运行pscl包vuong()函数提示$ operator not defined for this S4 class报错

• 函数命名冲突：你同时加载了pscl和lmtest两个包，二者均提供同名的vuong()函数，你加载时lmtest晚于pscl，因此默认调用的是lmtest::vuong()，和你预期使用的pscl包函数逻辑不同，这是你测试lm模型也报错的主要原因。
• 原生vuong()函数不支持S4类模型：lme4包拟合的lmer模型属于S4类对象，pscl和lmtest的原生vuong()函数底层均使用$运算符提取模型属性，而S4类对象需用@运算符提取插槽，二者不兼容，因此运行时会抛出$ operator not defined for this S4 class的错误。

方案1：普通模型（lm、glm等S3类）的Vuong检验 #

调用时明确指定包名，避免命名冲突即可：

• 若使用pscl包的版本（适用于计数模型等非嵌套检验）：pscl::vuong(mod1, mod2)
• 若使用lmtest包的版本（适用于广义线性模型的嵌套/非嵌套检验）：lmtest::vuong(mod1, mod2)

方案2：lmer混合效应模型的Vuong检验 #

方法A：使用适配的第三方包 #

安装加载nonnest2包，该包的vuongtest()函数原生支持lme4生成的S4类混合模型，调用代码如下：

install.packages("nonnest2")
library(nonnest2)
vuongtest(mod1, mod2)

方法B：手动实现检验逻辑 #

你也可以手动提取对数似然值构造检验统计量，参考代码如下：

# 提取两个模型的逐点对数似然
ll1 <- logLik(mod1)
ll2 <- logLik(mod2)
# 计算似然差值
ll_diff <- as.vector(ll1) - as.vector(ll2)
# 计算Vuong统计量与双侧p值
vuong_stat <- mean(ll_diff) / (sd(ll_diff) / sqrt(length(ll_diff)))
p_val <- 2 * pnorm(-abs(vuong_stat))
# 输出结果
cat(sprintf("Vuong统计量 = %.3f, p值 = %.3f\n", vuong_stat, p_val))

注意：Vuong检验用于混合效应模型的适用性存在统计学争议，若你对比的两个模型为嵌套关系，更推荐使用anova(mod1, mod2)做似然比检验，或直接对比AIC、BIC指标判断拟合效果。

内容的提问来源于stack exchange，提问作者cgxytf