NiBabel 3.2.1加载14.4MB NIFTI标签文件报ImageFileError问题

问题描述 #

使用NiBabel 3.2.1版本加载14.4MB的标记NIFTI文件时抛出文件类型识别错误，小体积KB级同类文件可正常加载，且报错文件可通过FreeSurfer FreeView正常打开，内容无异常。
报错信息如下：

Traceback (most recent call last):
  File "/home/miran045/reine097/projects2/lab2im/lab2im/dcan/reproduce_load_error.py", line 7, in <module>
    img = nib.load(file_path)
  File "/home/miran045/reine097/.local/lib/python3.7/site-packages/nibabel/loadsave.py", line 55, in load
    raise ImageFileError(f'Cannot work out file type of "{filename}"')
nibabel.filebasedimages.ImageFileError: Cannot work out file type of "/home/feczk001/shared/data/nnUNet/nnUNet_raw_data_base/nnUNet_raw_data/Task509_Paper/labelsTr1/1mo_sub-375518.nii.gz"

复现代码 #

import nibabel as nib

print(nib.__version__)

file_path = '/home/feczk001/shared/data/nnUNet/nnUNet_raw_data_base/nnUNet_raw_data/Task509_Paper/labelsTr1/1mo_sub' \
            '-375518.nii.gz'
img = nib.load(file_path)
print(img.shape)

解决方案 #

按优先级依次尝试以下方法：

• 指定加载器强制加载：NiBabel自动识别文件类型时对大文件的头部扫描存在阈值限制，可直接指定NIFTI加载器跳过自动识别步骤
  调整代码如下：

  import nibabel as nib
  from nibabel import nifti1
  
  file_path = '/home/feczk001/shared/data/nnUNet/nnUNet_raw_data_base/nnUNet_raw_data/Task509_Paper/labelsTr1/1mo_sub-375518.nii.gz'
  # 直接用nifti1加载器读取，兼容.nii/.nii.gz格式
  img = nifti1.load(file_path)
  print(img.shape)
  

• 调整NiBabel文件类型检测阈值：3.2.1版本默认仅读取文件前少量内容做类型判断，大文件头部如果存在填充冗余数据会导致识别失败，可手动调高检测字节数：

  import nibabel as nib
  
  # 调高类型检测的读取字节数，改为读取前1MB内容做判断
  nib.arrayproxy._header_size_limit = 1024 * 1024
  file_path = '/home/feczk001/shared/data/nnUNet/nnUNet_raw_data_base/nnUNet_raw_data/Task509_Paper/labelsTr1/1mo_sub-375518.nii.gz'
  img = nib.load(file_path)
  print(img.shape)
  

• 升级NiBabel版本：3.x版本存在多个大体积压缩NIFTI文件识别的bug，升级到4.0及以上版本可直接修复该类问题，升级命令：

  pip install --upgrade nibabel
  

• 验证文件完整性：如果上述方法都无效，可重新导出/解压该文件，避免压缩包局部损坏导致的识别异常。

内容的提问来源于stack exchange，提问作者Paul Reiners