如何覆盖R使用的编译器？解决~/.R/Makevars配置不生效问题

如何覆盖R安装目录下etc/Makeconf的默认设置 #

R编译配置的读取优先级从高到低为：

• 待编译R包自带的src/Makevars配置
• 用户级自定义配置~/.R/Makevars（macOS/Linux系统）
• 系统级默认配置R安装目录/etc/Makeconf
  因此只需在用户级Makevars中写入需要覆盖的编译参数，即可优先于默认Makeconf生效。

~/.R/Makevars配置不生效的常见原因与修复方案 #

针对macOS系统搭配官方R二进制版本、使用MacPorts gfortran的场景，可按以下步骤排查修复：

• 确认文件路径与命名正确
  首先检查~/.R隐藏文件夹是否存在，不存在可运行mkdir -p ~/.R创建，配置文件必须命名为Makevars（无后缀、大小写严格匹配），可在终端运行ls ~/.R/Makevars确认文件存在。
• 补全Fortran相关配置变量
  新版R调用Fortran编译器时会同时读取F77、FC等多个变量，仅配置FC会导致参数不生效，将你的Makevars内容调整为以下内容即可：

  F77 = /opt/local/bin/gfortran-mp-11
  FC = /opt/local/bin/gfortran-mp-11
  FLIBS = -L/opt/local/lib/gcc11 -lgfortran -lquadmath -lm
  

• 排除其他配置覆盖
  若配置了R_MAKEVARS_USER环境变量，或待编译的R包自带src/Makevars文件，会覆盖主目录下的全局配置，可在终端运行R CMD config --all | grep MAKEVARS确认环境变量指向的配置文件路径是否正确。
• 验证配置是否生效
  修改配置后重启R，在终端运行R CMD config FC，若输出为/opt/local/bin/gfortran-mp-11则说明配置已生效。

相关官方文档说明 #

可通过以下两个官方内置文档查看Makevars与Makeconf的相关规则：

1. 在R控制台运行?Makevars查看内置帮助页面
2. 在R控制台运行vignette("R-exts")，查看第6章「Customizing package compilation」部分

近年R版本的相关调整 #

从R 4.2.0版本开始，官方macOS二进制版本对编译配置做了两处影响较大的调整：

1. 拆分了x86_64与ARM64架构的默认编译参数，对Fortran编译器的变量调用新增了FC1等字段
2. 调整了默认gfortran的读取路径规则，旧版本仅配置FC即可生效的写法不再兼容，需要同时配置F77与FC两个变量
   如果你的R是从4.2.0之前的版本升级而来，就会出现原有配置失效的情况。

内容的提问来源于stack exchange，提问作者Szabolcs