Linux命令行使用R生成PDF报告不显示代码块输出如何解决

• 首先确认依赖包安装及调用正确
  你目前仅安装了knitr、markdown包，rmarkdown::render属于独立的rmarkdown包，需要先执行install.packages("rmarkdown")完成安装。注意不要使用library('library')这种错误的包加载写法，要按需加载对应包名：

  library(knitr)
  library(rmarkdown)
  

  同时注意render函数的语法规范，正确写法参考：

  rmarkdown::render("你的文件路径.Rmd", output_format = pdf_document())
  # 或简写为
  rmarkdown::render("你的文件路径.Rmd", output_format = "pdf_document")
  

• 检查Rmd文件代码块及全局参数配置
  1. 首先确认Rmd头部存在yaml配置块，示例如下：

  ---
  title: 分析报告
  output: pdf_document
  ---
  

  缺省yaml头会导致渲染参数异常，输出内容被截断。
  2. 确认代码块标记符合规范：R代码块需要以三个反引号接{r}开头，以三个反引号结尾，少写反引号会导致代码块识别异常，输出不渲染。
  3. 检查全局代码块配置，若文件开头存在setup块，确认没有设置隐藏输出的参数：
  错误示例（会隐藏所有输出）：

  knitr::opts_chunk$set(echo = TRUE, results = "hide", include = FALSE)
  

  正确示例（展示代码、运行输出、图表）：

  knitr::opts_chunk$set(echo = TRUE, results = "hold", fig.show = "hold", warning = FALSE, message = FALSE)
  

  4. 检查单个代码块的头参数，确认没有为单个代码块添加results='hide'、include=FALSE这类隐藏输出的配置，正常代码块头应为{r}或携带允许输出的参数。
• 检查Linux系统的LaTeX环境完整性
  生成PDF需要完整的TeX环境，基础版TeX Live会缺少矢量图、代码高亮相关的宏包，导致输出渲染失败被静默吞掉，可直接安装完整版TeX环境：
  Debian/Ubuntu系列执行：sudo apt install texlive-full
  CentOS/RHEL/Fedora系列执行：sudo dnf install texlive-scheme-full
• 排查渲染过程的错误信息
  调用render函数时关闭静默模式、保留中间文件，查看完整运行日志定位报错：

  rmarkdown::render("你的文件路径.Rmd", output_format = "pdf_document", quiet = FALSE, clean = FALSE)
  

  也可以先直接用Rscript运行Rmd中包含的所有代码，确认代码本身可以正常运行无报错，代码运行出错也会导致输出不渲染。

内容的提问来源于stack exchange，提问作者sourpeach