Mac Catalina升级R 4.1.1后安装R包编译失败，提示stdio.h相关错误

问题诱因 #

• 核心冲突是SDK版本不匹配：你设备上全局默认的MacOSX.sdk软链接指向了MacOS 11.1版本的SDK，但实际运行系统为10.15.7 Catalina。R编译依赖包时会调用/usr/local/opt/llvm/bin/clang编译器并引用MacOSX.sdk下的头文件，高版本SDK头文件中使用的TARGET_OS_IPHONE宏未被你当前版本的Clang编译器预定义，同时R的默认编译配置开启了-Werror类校验规则，未定义的宏直接触发编译失败。
• 辅助冲突点：系统全局的gcc、xcrun工具均已适配10.15版本SDK，和R调用的LLVM Clang的SDK配置不一致，进一步加剧了头文件引用混乱。

修复方案 #

方案1：修改R编译配置指定SDK路径（优先尝试，无需改动系统配置） #

1. 找到或新建R的编译配置文件~/.R/Makevars
2. 在文件中添加以下配置，强制R编译时使用匹配系统的10.15版本SDK：

SDKROOT = /Library/Developer/CommandLineTools/SDKs/MacOSX10.15.sdk
CFLAGS += -isysroot $(SDKROOT)
CXXFLAGS += -isysroot $(SDKROOT)
CPPFLAGS += -isysroot $(SDKROOT) -DTARGET_OS_IPHONE=0

3. 保存文件后重启R，重新尝试安装依赖包即可

方案2：修改全局SDK软链接 #

如果方案1无效，直接修改SDK默认软链接指向10.15版本，执行终端命令：
sudo ln -sf /Library/Developer/CommandLineTools/SDKs/MacOSX10.15.sdk /Library/Developer/CommandLineTools/SDKs/MacOSX.sdk
执行完成后重启R再尝试安装包即可

方案3：重装CommandLineTools #

如果前两个方案均失效，再卸载现有CommandLineTools后重装适配10.15的版本即可，无需完全重装Xcode：

1. 执行终端命令卸载现有工具：sudo rm -rf /Library/Developer/CommandLineTools
2. 执行终端命令触发安装：xcode-select --install，按提示完成安装后重启R即可

内容的提问来源于stack exchange，提问作者Holt Dwyer