如何在Bash中使用GNU Parallel并从标准输入读取变量？

直接使用如下命令即可实现16并行任务运行，无需创建中间脚本：

cut -f1 markers.tsv | parallel -j 16 'echo {} && zcat {}.faa.gz | muscle -out {}.msa'

原写法未生效的原因 #

• GNU Parallel 默认使用{}作为输入行的占位符，无需额外用-I @指定替换规则，简化写法可以避免不必要的语法错误
• 原写法中FAA变量的赋值属于冗余逻辑，直接用{}拼接文件名即可，减少变量传递可能带来的问题
• 无需额外对占位符做引号包裹，GNU Parallel 会自动处理常规输入内容的转义

调试方法 #

如果需要预先验证命令拼接是否正确，可以添加--dry-run参数打印所有将要执行的命令，确认无误后移除该参数即可正式运行：

cut -f1 markers.tsv | parallel -j 16 --dry-run 'echo {} && zcat {}.faa.gz | muscle -out {}.msa'

内容的提问来源于stack exchange，提问作者O.rka