Linux下如何基于名称列表批量重命名NCBI下载的fasta文件

所有操作都在存放fasta文件、file1.txt、file2.txt的文件夹中执行。

前置校验 #

先确认两个列表文件的条目数完全匹配，运行以下命令：
wc -l file1.txt file2.txt
输出的两个文件行数必须完全一致，否则先核对列表内容修正后再进行后续操作。

第一步：模拟运行确认配对关系（必做，避免改错文件） #

运行以下命令，只会打印待执行的重命名操作，不会实际修改文件名：
paste file1.txt file2.txt | while read old_name new_name; do echo "mv $old_name $new_name"; done
逐行检查打印出的旧文件名、新文件名是否和你需要的对应关系完全一致。

第二步：执行实际重命名 #

确认模拟输出完全正确后，运行以下命令完成重命名：
paste file1.txt file2.txt | while read old_name new_name; do mv "$old_name" "$new_name"; done #

注意事项 #

• 文件名包含空格、特殊字符时，命令中包裹"$old_name"和"$new_name"的双引号不可省略，否则会出现识别错误
• 建议执行重命名前先备份所有原始fasta文件，防止误操作
• 若出现No such file or directory报错，检查对应旧文件名是否和文件夹内的实际文件名完全匹配，排查大小写、后缀拼写问题

内容的提问来源于stack exchange，提问作者sowptika