Google Colab安装graph-tool失败及Anaconda安装耗时过长问题求解决方案

问题复现 #

此前可正常使用的graph-tool Colab安装流程近期失效，具体表现为：apt安装命令无报错，但执行from graph_tool.all import *时抛出ModuleNotFoundError: No module named 'graph_tool'错误。
原失效安装代码如下：

!echo "deb http://downloads.skewed.de/apt bionic main" >> /etc/apt/sources.list;
!apt-key adv --keyserver keys.openpgp.org --recv-key 612DEFB798507F25;
!apt-get update;
!apt-get install python3-graph-tool python3-cairo python3-matplotlib;
!pip install ipympl;

低效方案说明 #

此前尝试通过安装Python 3.6版本的Anaconda环境解决版本兼容问题，全程安装耗时可达1小时，无法满足日常使用需求，代码如下（不推荐使用）：

!wget -c https://repo.anaconda.com/miniconda/Miniconda3-4.5.4-Linux-x86_64.sh
!chmod +x Miniconda3-4.5.4-Linux-x86_64.sh
!bash ./Miniconda3-4.5.4-Linux-x86_64.sh -b -f -p /usr/local
!conda install -q -y --prefix /usr/local python=3.6 ujson
import sys
sys.path.append('/usr/local/lib/python3.6/site-packages')
!conda install -c conda-forge ipython jupyter
!conda install -c conda-forge graph-tool

最优解决方案 #

方案1：Colab 适配版apt安装（推荐，全程耗时约2-3分钟） #

当前Colab运行环境已升级为Ubuntu 20.04（focal），仅需替换原有源地址、补充包路径配置即可适配，无需降级Python版本：

# 适配当前Colab Ubuntu版本添加对应源
!echo "deb http://downloads.skewed.de/apt focal main" >> /etc/apt/sources.list
!apt-key adv --keyserver keys.openpgp.org --recv-key 612DEFB798507F25
# 优先安装graph-tool相关依赖避免冲突
!apt-get update -qq
!apt-get install -qq python3-graph-tool python3-cairo python3-matplotlib
!pip install -qq ipympl
# 确认apt安装的包路径被识别
import sys
sys.path.append('/usr/lib/python3/dist-packages')

安装完成后直接执行from graph_tool.all import *即可正常导入，完整保留Colab云端运行、公开共享的所有特性。

方案2：conda安装优化（如需自定义Python版本时使用） #

若需要搭配特定Python版本使用，可使用mamba替代conda解决依赖解析慢的问题，全程耗时约5-8分钟：

!wget -c https://repo.anaconda.com/miniconda/Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh
!chmod +x Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh
!bash ./Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh -b -f -p /usr/local
!conda install -q -y mamba -c conda-forge
# 可按需修改Python版本号
!mamba install -q -y python=3.8 graph-tool ipython jupyter -c conda-forge
import sys
sys.path.append('/usr/local/lib/python3.8/site-packages')

方案3：替代在线平台 #

如无需绑定Colab，可选择预构建graph-tool环境的在线notebook平台，无需手动安装即可直接使用，同样支持云端运行和公开分享：

• 主流数据科学竞赛平台的公开Kernel环境，默认已适配常见图形计算依赖
• 支持自定义Docker镜像的在线notebook平台，可直接使用graph-tool官方预构建镜像启动环境

内容的提问来源于stack exchange，提问作者Luska Cukierek