ARM架构macOS Big Sur下从源码编译R包报错问题咨询

问题根因 #

你遇到的报错核心来自两个问题：

1. 你当前安装的R是Intel架构版本（sessionInfo可看到平台为x86_64-apple-darwin17.0），而你装的Homebrew是ARM架构版本（路径在/opt/homebrew），两者架构不兼容，R没法调用brew安装的gcc编译器
2. 你之前拼凑的Makevars配置没有写全编译器的绝对路径，且硬编码了gcc版本和路径，版本不匹配或gcc升级后路径变动就会失效

修复步骤 #

第一步：先删除旧的错误配置 #

打开终端执行以下两行命令，删掉之前错误的Makevars文件，恢复默认配置状态：

rm -f ~/.R/Makevars
rm -f $R_HOME/etc/Makevars

第二步：二选一选择适配方案 #

方案A：更换为ARM原生版R（推荐，M芯片设备运行速度更快，后续兼容性更好）

1. 卸载当前Intel版R：打开访达→应用程序，将R程序拖到废纸篓即可
2. 下载安装Apple Silicon架构的R安装包，版本建议选择4.2及以上（你当前用的4.0.5版本过老，原生不支持M系列芯片）
3. 确认brew安装的gcc实际版本：终端执行ls /opt/homebrew/bin/gcc*，查看输出中gcc后面跟随的版本号，比如输出包含gcc-12，就将后续配置里的VER值改为-12
4. 新建正确的Makevars配置：
   • 终端执行mkdir -p ~/.R，如果文件夹已存在会自动跳过
   • 执行open ~/.R，在弹出的文件夹中新建纯文本文件，命名为Makevars
   • 粘贴以下内容，根据你实际的gcc版本修改第一行的VER值：

   VER=-12
   CC=/opt/homebrew/bin/gcc$(VER)
   CXX=/opt/homebrew/bin/g++$(VER)
   CXX11=/opt/homebrew/bin/g++$(VER)
   CXX14=/opt/homebrew/bin/g++$(VER)
   CXX17=/opt/homebrew/bin/g++$(VER)
   FC=/opt/homebrew/bin/gfortran$(VER)
   F77=/opt/homebrew/bin/gfortran$(VER)
   FLIBS=-L`/opt/homebrew/bin/gfortran$(VER) -print-file-name=libgfortran.dylib | xargs dirname`
   CFLAGS=-mtune=native -g -O2
   CXXFLAGS=-mtune=native -g -O2
   

5. 保存文件后重启R，执行install.packages("igraph", type = "source")即可正常安装。

方案B：保留当前Intel版R

1. 安装Intel架构版本的Homebrew，终端执行对应安装命令即可
2. 用Intel版brew安装gcc：

   arch -x86_64 /usr/local/bin/brew install gcc
   

3. 确认gcc版本：终端执行ls /usr/local/bin/gcc*，查看gcc后的版本号修改后续VER值
4. 新建Makevars配置，步骤同方案A，内容替换为：

   VER=-12
   CC=/usr/local/bin/gcc$(VER)
   CXX=/usr/local/bin/g++$(VER)
   CXX11=/usr/local/bin/g++$(VER)
   CXX14=/usr/local/bin/g++$(VER)
   CXX17=/usr/local/bin/g++$(VER)
   FC=/usr/local/bin/gfortran$(VER)
   F77=/usr/local/bin/gfortran$(VER)
   FLIBS=-L`/usr/local/bin/gfortran$(VER) -print-file-name=libgfortran.dylib | xargs dirname`
   CFLAGS=-mtune=native -g -O2
   CXXFLAGS=-mtune=native -g -O2
   

5. 重启R后即可正常安装源码包。

报错原因说明 #

• make: gfortran-11: No such file or directory：要么是你实际安装的gcc版本不是11，要么是配置中没有写对gfortran的完整路径，R搜索不到对应程序
• configure: error: C compiler cannot create executables：架构不兼容，你给Intel版R指定了ARM架构的gcc编译器，编译出的文件无法在Intel架构的R环境下运行，因此检测直接失败。

内容的提问来源于stack exchange，提问作者JankoWTF