Shiny应用部署shinyapps.io后下载的Rmarkdown HTML报告无法渲染图片

问题根源 #

rmarkdown渲染报告时默认使用临时目录作为工作目录，你仅向Rmd传递了图片的相对路径，渲染时无法从临时目录定位到shiny应用根目录下的图片文件；同时here包的根目录判定逻辑在shinyapps.io的运行环境和本地开发环境不一致，进一步导致路径解析错误。

你之前复制文件到www目录的逻辑仅用于适配shiny前端的资源查找规则，和后端Rmd渲染的路径逻辑无关，所以会出现前端图片正常显示、但报告生成失败的情况。

修复方案 #

该方案同时兼容本地运行和shinyapps.io部署环境，不需要额外做两套配置：

• 第一步：在shiny应用中提前获取图片的绝对路径，再传递给Rmd参数
  在app.R中读取到pca文件名后，新增一行代码获取绝对路径：

pca <- list.files(pattern="*pca_check.png")
# 新增以下行，获取图片的绝对路径
pca_abs <- normalizePath(pca[[1]], mustWork = TRUE)

修改downloadHandler中的参数传递逻辑，将绝对路径传给Rmd：

params <- list(pca = pca_abs)

• 第二步：简化Rmd中的图片引用逻辑
  修改report.Rmd中的图片引用代码，不需要再调用here包，直接使用传入的绝对路径即可：

```{r out.width="70%"}
knitr::include_graphics(params$pca)

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内容的提问来源于stack exchange，提问作者lecb