在R语言中如何读取不同目录下的多张同名数据表？

完全可以通过list.files()和lapply()的组合实现该需求，仅用R基础函数即可完成，无需安装额外扩展包。

步骤1：获取所有quant.txt的完整路径 #

用list.files()遍历父目录下的所有子文件夹，匹配目标文件：

# 先设置工作目录为所有子文件夹所在的父目录，也可直接在path参数填写父目录的绝对路径
setwd("替换为你的父目录实际路径")

# 匹配所有子文件夹下的quant.txt，返回完整文件路径
file_paths <- list.files(
  path = ".", # 当前工作目录即目标父目录
  pattern = "quant\\.txt$", # 精确匹配文件名，$限定文件名必须以quant.txt结尾
  recursive = TRUE, # 开启子目录递归遍历
  full.names = TRUE # 返回完整路径，否则仅返回文件名无法正常读取
)

可以先打印file_paths检查路径是否正确，确认12个目标文件都被匹配到再进行下一步。

步骤2：批量读取所有文件 #

用lapply()遍历路径列表，逐个读取文件，最终返回一个列表，每个元素对应一个quant.txt的内容：

# 按实际文件格式选择读取函数、调整参数，以下为通用示例
# 示例默认文件带表头、制表符分隔，可根据你的实际情况修改sep、header等参数
quant_list <- lapply(file_paths, function(x) {
  read.table(x, header = TRUE, sep = "\t", stringsAsFactors = FALSE)
})

# 可选操作：给列表元素命名，标记每个数据对应的来源子文件夹
names(quant_list) <- basename(dirname(file_paths))

可选操作：合并所有数据为一个总数据框 #

如果12个文件的列结构完全一致，需要合并后统一分析，可以用以下代码：

# base R 原生方法
total_quant <- do.call(rbind, quant_list)

# 也可使用dplyr包的bind_rows，兼容性更强
# library(dplyr)
# total_quant <- bind_rows(quant_list, .id = "source_folder") # .id参数可新增一列标记数据来源的子文件夹名称

• 读取报错时优先校验分隔符、表头、文件编码等参数，可先用单个文件测试读取参数，确认无误后再批量执行
• 若12个文件的列结构不一致，建议保留列表格式，单独处理每个文件的内容

内容的提问来源于stack exchange，提问作者Helena