无sudo权限Linux服务器安装FastX Toolkit时make报错如何解决

核心原因 #

FastX Toolkit及其依赖的libgtextutils均为较早维护的生物信息学工具，代码语法适配旧版C++标准，默认安装路径需要系统管理员权限，你的报错同时触发了这两类问题。

分步操作方案 #

1. 重新编译安装libgtextutils #

进入已解压的libgtextutils源码目录，先清空之前的编译缓存：

make clean

重新执行configure命令，指定个人有权限的目录作为安装路径，同时添加适配旧C++标准的编译参数：

./configure --prefix=$HOME/local CXXFLAGS="-fpermissive -std=c++03"

完成后执行编译和安装：

make -j4
make install

2. 配置环境变量 #

执行以下命令让系统识别你安装的libgtextutils，建议将下述内容写入~/.bashrc文件，避免每次登录服务器都需要重新配置：

export PATH=$HOME/local/bin:$PATH
export LD_LIBRARY_PATH=$HOME/local/lib:$LD_LIBRARY_PATH
export PKG_CONFIG_PATH=$HOME/local/lib/pkgconfig:$PKG_CONFIG_PATH
export C_INCLUDE_PATH=$HOME/local/include:$C_INCLUDE_PATH
export CPLUS_INCLUDE_PATH=$HOME/local/include:$CPLUS_INCLUDE_PATH

如果写入了.bashrc，执行source ~/.bashrc让配置立即生效。

3. 编译安装FastX Toolkit #

进入FastX Toolkit的解压目录，同样先清空旧编译缓存：

make clean

执行configure命令，指定相同的安装路径和兼容编译参数：

./configure --prefix=$HOME/local CXXFLAGS="-fpermissive -std=c++03"

完成后执行编译和安装：

make -j4
make install

安装验证 #

执行fastx_trimmer --version，如果正常返回版本信息即说明安装成功。

内容的提问来源于stack exchange，提问作者Hyeonggon Cho