如何删除组合数组中仅顺序不同的重复二元组集合

核心原理是为每个组合生成不受内部元素顺序影响的唯一标识，通过集合校验标识是否重复，实现过滤：

• 首先将每个子坐标数组转成可哈希的元组（数组本身不可哈希，无法存入集合）
• 浮点坐标要先做精度截断（比如保留6位小数），避免浮点精度误差导致相同坐标判定为不同
• 将组合内的两个元组按规则排序后拼成最终的唯一键
• 用集合存储已经出现过的键，遍历过程中如果键已存在就跳过，不存在就保留并把键加入集合

import numpy as np
import itertools as it

filename = "example.xyz"
xyz_file = np.genfromtxt(fname=filename, skip_header=2, dtype='unicode')
with open(filename) as xyz:
    atom_quantity = int(xyz.readline())
atom_coordinates = xyz_file[:, 1:].astype(float)
print("The xyz coordinate of the each atom:", atom_coordinates)

array = np.array(atom_coordinates)
combinations = it.product(array, array)

# 去重用的存储集合
seen = set()
for combination in combinations:
    # 处理坐标精度+转可哈希元组
    t1 = tuple(np.round(combination[0], 6))
    t2 = tuple(np.round(combination[1], 6))
    # 排序生成不受顺序影响的唯一键
    unique_key = tuple(sorted([t1, t2]))
    # 重复则直接跳过
    if unique_key in seen:
        continue
    seen.add(unique_key)
    
    array_comb = np.array(combination)
    print(array_comb)

如果你不需要(a,a)这种自身和自身的组合，也不需要顺序相反的重复对，可以直接把it.product(array, array)替换为it.combinations(array, 2)，从根源上减少冗余组合生成，后续可省掉额外去重步骤。

内容的提问来源于stack exchange，提问作者riven