如何用Bash/awk处理原子坐标文件求指定列均值并替换对应值

解决方案 #

1. 替换C类原子z坐标为B类z坐标均值 #

直接用awk单次遍历即可实现，逻辑会自动适配每个文件中A、B、C的数量，不受前4行干扰：

awk '
NR == 2 {numA = $1; numB = $2; numC = $3}
NR <= 4 {print; next}
{
    coord_line++
    # 匹配B类原子行，累加z坐标
    if (coord_line > numA && coord_line <= numA + numB) {
        sumB += $3
        countB++
    }
    # 匹配C类原子行，替换z坐标为均值
    if (coord_line > numA + numB) {
        avgB = countB > 0 ? sumB / countB : $3
        $3 = avgB
    }
    print
}' 输入文件

如需批量处理多个文件，可使用GNU awk的原地修改参数：

awk -i inplace '上述逻辑' *.txt

提前备份原文件即可批量完成所有文件的修改。

2. 替换A类原子z坐标为B类z坐标均值 #

需要两次遍历文件，awk原生支持同文件传入两次的写法，不需要额外传递变量：

awk '
# 第一次遍历：计算B类原子z坐标均值
FNR == NR {
    if (FNR == 2) {
        numA = $1; numB = $2
    }
    if (FNR > 4) {
        coord_line++
        if (coord_line > numA && coord_line <= numA + numB) {
            sumB += $3
            countB++
        }
    }
    next
}
# 第二次遍历：替换A类原子z坐标
{
    if (FNR > 4) {
        coord_line2++
        if (coord_line2 <= numA) {
            avgB = countB > 0 ? sumB / countB : $3
            $3 = avgB
        }
    }
    print
}' 输入文件 输入文件

批量兼容所有awk版本的写法：

for file in *.txt; do
    awk '上述逻辑' "$file" "$file" > "$file.tmp" && mv "$file.tmp" "$file"
done

内容的提问来源于stack exchange，提问作者Jacek