如何使用awk批量替换文件指定列中的特定数值为目标值

• 两条命令独立运行，第二条命令的输出直接覆盖了第一条的输出结果，第一条的修改完全没有生效
• 逻辑顺序错误：即使你把两条命令的修改逻辑合并，先把0替换为1，再把所有1替换为2，会导致原本是0的数值最终被误替换为2，和你的需求完全相悖
• gsub是全局字符串替换函数，不适用于精准的数值匹配场景，后续如果第三列出现其他包含0/1字符的数值，很容易出现意料之外的替换错误

仅需执行一次以下命令即可完成所有替换需求：
如果你的原文件是制表符分隔，希望保留原格式：

awk 'BEGIN{OFS="\t"} $3 == 0 {$3 = 1} $3 == 1 || $3 == 2 {$3 = 2} 1' PRS_with_minus9.pheno.txt > PRS_with_minus9_modified.pheno

如果你的原文件是空格分隔：

awk '$3 == 0 {$3 = 1} $3 == 1 || $3 == 2 {$3 = 2} 1' PRS_with_minus9.pheno.txt > PRS_with_minus9_modified.pheno

命令逻辑说明 #

• 首先判断第三列数值是否为0，是则赋值为1
• 再判断第三列数值是否为1或2，是则赋值为2
• 既不是0/1/2的数值（比如你的-9）不做任何修改，直接保留
• 末尾的1是awk的常用简写，等价于{print $0}，作用是输出处理后的整行内容

内容的提问来源于stack exchange，提问作者HKJ3