如何拼接multiFASTA文件内序列并合并输出为保留头信息的单个FASTA文件

方案1：Linux命令行（awk实现，无额外依赖，适配zsh环境） #

原有循环出错核心原因有两点：1. 循环内使用cat *.fasta会读取目录下全部fasta文件而非当前遍历的单个文件；2. 每次使用>覆盖输出文件，导致仅保留最后一次处理结果。
以下代码直接实现需求：

# 先清空目标结果文件
> GENE_L.fasta
# 遍历当前目录下所有后缀为.fasta的文件
for f in *.fasta; do
    awk '
    # 匹配当前文件的第一个序列头，直接输出
    FNR==1 {print $0}
    # 匹配非序列头的序列行，追加到拼接变量
    !/^>/ {concat_seq = concat_seq $0}
    # 单个文件处理完成后输出拼接好的序列，清空变量供下一个文件使用
    END {print concat_seq; concat_seq=""}
    ' "$f" >> GENE_L.fasta
done

方案2：Python实现（依赖Biopython，格式兼容性好，易扩展） #

如果需要更高的格式容错性、后续方便扩展处理逻辑，可以使用Biopython实现：
首先安装依赖：
pip install biopython
运行代码：

from Bio import SeqIO
from pathlib import Path

output_file = "GENE_L.fasta"
processed_seqs = []

# 遍历所有fasta文件
for fasta_path in Path(".").glob("*.fasta"):
    records = list(SeqIO.parse(fasta_path, "fasta"))
    if not records:
        continue
    # 保留第一个序列的ID和注释，拼接所有序列
    merged_record = records[0]
    merged_record.seq = sum([rec.seq for rec in records], merged_record.seq.__class__(""))
    processed_seqs.append(merged_record)

# 写入最终合并文件
SeqIO.write(processed_seqs, output_file, "fasta")

内容的提问来源于stack exchange，提问作者Fitzy