Snakemake使用--use-singularity时本地资源挂载及文件访问问题

核心结论：Snakemake默认自动挂载的路径 #

• 执行snakemake命令的工作流根目录，容器内的默认工作目录与该路径完全一致，路径无需做映射转换
• 所有在规则的input/output/log/temp/protected字段中显式声明的文件对应的父目录
• 执行snakemake时通过--singularity-args "-B 宿主机路径:容器内路径"参数手动指定的挂载路径

问题1：工作流内自定义Python脚本的访问方式 #

你不需要将myScript.py构建到容器中，也无需额外声明为输入文件：

1. 只要该脚本存放在工作流根目录下，Snakemake会自动挂载该目录，容器内可直接访问
2. 你当前规则中通过params.basePath拼接路径的写法冗余且容易出错，可直接使用相对路径调用，修改后的shell命令片段如下：

| python3 scripts/myScript.py \
--input /dev/stdin \
--prefix {wildcards.sample}

注意：该Python脚本依赖的第三方库需要提前内置到容器中，或配合conda环境在容器内安装。

问题2：大体积参考序列/数据库的使用方式 #

不需要将这类公共大文件内置到容器中，否则会导致容器镜像体积过大，启动、分发效率极低：

1. 如果参考文件存放在当前工作流目录下，直接声明到规则的input字段即可，Snakemake会自动挂载对应路径
2. 如果参考文件是多项目共用的公共资源，存放在工作流目录外，执行snakemake时添加参数手动挂载即可：

snakemake --use-singularity --singularity-args "-B /公共参考库根目录:/公共参考库根目录"

手动挂载时保持宿主机和容器内路径一致，原有代码中调用参考文件的路径不需要做任何修改。

路径定位通用规则 #

编写shell命令时，只要文件属于上述自动挂载/手动挂载的路径范围，直接使用和宿主机完全相同的相对路径或绝对路径调用即可，无需额外修改路径格式。

内容的提问来源于stack exchange，提问作者Brendan Kohrn