R升级依赖后出现unable to load shared object错误如何解决？

问题根因 #

两个报错均为R包编译时使用的运行时库与当前系统环境不匹配导致，OpenSSL升级时连带更新了系统底层编译链相关依赖，触发了旧版本编译的R包的兼容问题。

可行解决方案 #

方案1：重新编译关联依赖包（优先尝试）

• 首先通过Homebrew安装报错缺失的gcc8运行时库：
  brew install gcc@8
• 打开（或新建）R本地配置文件~/.R/Makevars，添加以下内容指定编译器路径：

CC=/usr/local/opt/gcc@8/bin/gcc-8
CXX=/usr/local/opt/gcc@8/bin/g++-8
CXX11=/usr/local/opt/gcc@8/bin/g++-8
FLIBS=-L/usr/local/opt/gcc@8/lib/gcc/8

• 重启R后从源码重新安装报错的两个底层依赖包：
  install.packages(c("promises", "data.table"), type = "source")
• 安装完成后重新加载chromVAR、GENOVA验证即可。

方案2：回滚依赖包版本

如果重新编译仍报错，直接安装适配R3.5.1的历史版本依赖：

# 先安装remotes包如果未安装
if (!require("remotes")) install.packages("remotes")
remotes::install_version("promises", version = "1.1.1")
remotes::install_version("data.table", version = "1.12.8")

方案3：升级R版本（长期解决方案）

你当前使用的R3.5.1与MacOS Big Sur兼容性较差，直接升级到R4.2及以上版本，重新安装所有R包，可彻底解决这类底层依赖不匹配问题。

内容的提问来源于stack exchange，提问作者Hiroyuki Kato