igraph绘图时出现重复顶点标签的原因排查及解决求助

问题根源 #

graph_from_incidence_matrix() 函数会生成二部图结构，顶点总数为输入矩阵的行数+列数，你代码中传入的 vertex.label = Data$X1 长度仅等于矩阵行数，R在向量长度不匹配时会自动循环复用值，最终导致标签重复。
另外你代码中重复定义了vertex.size、label.dist参数，多余的参数会被覆盖，建议删除冗余定义。

修复方法 #

二部图生成时会自动将矩阵的行名、列名存入顶点的name属性，直接调用该属性即可获得长度完全匹配的标签，无需额外从外部Data对象传入标签：

library(igraph)
n <- graph_from_incidence_matrix(alzheimer)
pal <- rainbow(5, alpha=.5)

plot(n,
     vertex.label = V(n)$name,
     vertex.size = 10,
     vertex.label.font = 3,
     vertex.label.cex = 0.58,
     vertex.color = pal,
     edge.color = "gray",
     vertex.label.dist = 1,
     asp = 9/16,
     layout = layout.fruchterman.reingold
)

可选自定义设置 #

如果需要区分二部图两类顶点的标签样式，可以通过顶点自带的type属性分类设置：

# type=FALSE对应矩阵行顶点，type=TRUE对应矩阵列顶点
V(n)$label.cex <- ifelse(V(n)$type, 0.4, 0.6)
V(n)$label.color <- ifelse(V(n)$type, "darkred", "navy")

内容的提问来源于stack exchange，提问作者Neha Dhiman