公共服务器个人目录安装R4.1.1无需修改.cshrc的依赖问题求解

报错本质是链接阶段ld无法定位你个人目录下的动态库，无需修改全局shell配置，两个可行方案如下：

方案1：编译时添加rpath参数（永久生效，推荐） #

rpath会将依赖库路径直接写入编译生成的R二进制文件和libR.so中，编译和后续运行R都不需要额外设置环境变量。
修改后的configure命令参考：

./configure --prefix=$HOME/Programme/R-4.1.1 --enable-R-shlib --with-readline=no \
LDFLAGS="-L/$HOME/Programme/zlib-1.2.11/lib -Wl,-rpath,$HOME/Programme/zlib-1.2.11/lib \
-L/$HOME/Programme/bzip2-1.0.6/lib -Wl,-rpath,$HOME/Programme/bzip2-1.0.6/lib \
-L/$HOME/Programme/xz-5.2.4/lib -Wl,-rpath,$HOME/Programme/xz-5.2.4/lib \
-L/$HOME/Programme/pcre-8.40/lib -Wl,-rpath,$HOME/Programme/pcre-8.40/lib \
-L/$HOME/Programme/curl-7.52.1/lib -Wl,-rpath,$HOME/Programme/curl-7.52.1/lib" \
CPPFLAGS="-I/$HOME/Programme/zlib-1.2.11/include -I/$HOME/Programme/bzip2-1.0.6/include \
-I/$HOME/Programme/xz-5.2.4/include -I/$HOME/Programme/pcre-8.40/include \
-I/$HOME/Programme/curl-7.52.1/include" \
--with-x=no --with-pcre1

其中-Wl,-rpath,路径的作用是告诉gcc将对应路径传递给链接器，写入可执行文件的动态链接搜索列表。

方案2：临时设置当前会话的环境变量 #

仅在执行configure和make的当前shell会话临时设置LD_LIBRARY_PATH，仅对当前会话生效，不会修改全局配置：

# 临时添加个人编译的库路径，当前shell关闭后配置自动失效
export LD_LIBRARY_PATH=$HOME/Programme/zlib-1.2.11/lib:$HOME/Programme/bzip2-1.0.6/lib:$HOME/Programme/xz-5.2.4/lib:$HOME/Programme/pcre-8.40/lib:$HOME/Programme/curl-7.52.1/lib:$LD_LIBRARY_PATH

# 后续正常执行你原来的configure和make命令即可
./configure [你原来的configure参数]
make -j4 && make install

额外注意事项 #

• 编译前先确认依赖库的动态文件存在：检查$HOME/Programme/pcre-8.40/lib下是否有libpcre.so.1，$HOME/Programme/xz-5.2.4/lib下是否有liblzma.so.5，如果缺失说明对应依赖编译时未开启动态库编译，重新编译对应依赖时添加--enable-shared参数即可。
• 若后续运行R时仍报库找不到，可每次运行前临时设置LD_LIBRARY_PATH，或直接使用方案1重新编译R，就无需每次设置。

内容的提问来源于stack exchange，提问作者Paolo Lorenzini