ggplot绘制含NA值连续折线图及添加次Y轴报错求助

1. 解决charToDate报错 #

该报错是as.Date()函数无法自动识别Date列的所有日期格式导致的，并非na.omit的问题，修改日期转换代码、主动指定格式即可：

# 转换时指定标准年月日格式，转换失败的值会自动设为NA
test$Date <- as.Date(test$Date, format = "%Y-%m-%d")

如果还有报错，可以运行which(is.na(test$Date))查看转换失败的行，修正对应日期格式即可。

2. 解决折线不连续问题 #

你之前对整个数据集用na.omit()是错误的：你的数据中每行只有A或B其中一列有值，na.omit会删除所有含NA的行，最终数据集会被清空。
要让折线连续，只需要给每个序列单独筛选对应y列非NA的行，无需删除整行数据：

• 绘制A序列的折线时，筛选A非NA的行
• 绘制B序列的折线时，筛选B非NA的行

3. 修正双Y轴代码 #

你的附加代码存在3个问题：

• 重复定义scale_y_continuous会导致前面的配置被覆盖，需要合并为一个
• B的缩放系数不合理：原代码用B/20，缩放后的值远低于主Y轴28-31的范围，会完全看不到
• 没有给B序列的geom_point指定y映射，会默认继承A的y值

修正后的完整代码如下：

library(ggplot2)
library(scales)

test <- read.csv(
  file = "testdata.csv",
  stringsAsFactors = FALSE
)

# 修正日期转换报错
test$Date <- as.Date(test$Date, format = "%Y-%m-%d")

ggplot(test, aes(x = Date)) +
  # 绘制A序列的折线和点，仅用A非NA的数据保证连续
  geom_line(data = test[!is.na(test$A),], aes(y = A, colour = "A"), na.rm = TRUE) +
  geom_point(data = test[!is.na(test$A),], aes(y = A), shape = 1) +
  # 绘制B序列的折线和点，调整缩放系数让B值落在主Y轴范围内，这里用B*10+28适配28-31的区间
  geom_line(data = test[!is.na(test$B),], aes(y = B*10 + 28, colour = "B"), na.rm = TRUE) +
  geom_point(data = test[!is.na(test$B),], aes(y = B*10 + 28), shape = 0) +
  xlab("") + 
  ylab("A") +
  scale_x_date(breaks = date_breaks("1 month"), labels = date_format("%b")) +
  # 合并Y轴配置，第二轴按缩放规则反向转换
  scale_y_continuous(
    expand = c(0, 0), 
    limits = c(27.5, 31), # 放宽下限适配示例中27.6的A值，不需要可改回28
    sec.axis = sec_axis(~(. - 28)/10, name = "B")
  ) +
  scale_color_manual(values = c("A" = "black", "B" = "red")) +
  theme_bw()

如果你的B值范围和示例不同，可自行调整缩放系数：比如B最大值为max_B，要让它落到主Y轴上限31，缩放公式为 y = B * (31-28)/max_B +28，第二轴的反向公式对应改为 ~(. -28)*max_B/(31-28)即可。

内容的提问来源于stack exchange，提问作者okscientist