dplyr管道中调用rstatix的shapiro_test提示variable不存在报错如何解决

报错原因 #

你当前使用的rstatix包版本存在已知bug，shapiro_test()函数处理自定义列名的分组长表时，会硬编码查找名为variable的分组标识列。你用pivot_longer转换长表时，将原本默认的variable列自定义命名为了s，因此函数找不到所需列触发报错。

解决方案 #

有两种可行方案，你可以按需选择：

• 方案1：适配旧版本rstatix的规则，转长表时保留默认列名，后续有需要再重命名

  library(rstatix)
  normality_table <- df %>%
    # 省略names_to参数，转长后分组标识列默认名为variable
    tidyr::pivot_longer(., -c(A, C, D)) %>%
    group_by(D, variable) %>% 
    shapiro_test(value) %>%
    # 若需要保留s作为列名，检验完成后重命名即可
    rename(s = variable)
  

• 方案2：升级rstatix到最新正式版，新版本已经修复了该硬编码问题，你原本的代码无需修改即可正常运行。

内容的提问来源于stack exchange，提问作者12666727b9