Windows系统R包LICHospitalR执行Install and Restart功能报错求助

你遇到的cp: unknown option -- )错误是Windows环境下Unix工具链路径优先级异常、路径特殊字符未正确转义导致的，无需直接提交issue，先按以下步骤排查：

• 检查项目存储路径：将项目从当前桌面路径移动到无空格、无括号、无特殊字符的纯英文路径下（例如C:\R_dev\LICHospitalR），重新尝试构建安装。
• 验证cp命令来源：打开R会话执行Sys.which("cp")，如果返回的路径不是Rtools对应目录下的cp程序（比如返回/usr/bin/cp或Git安装目录下的路径），说明系统PATH优先级错误。
  • 临时修复可在R会话中执行：Sys.setenv(PATH = paste0(Sys.getenv("RTOOLS40_HOME"), "/usr/bin;", Sys.getenv("PATH")))
  • 永久修复需进入Windows系统环境变量设置，将Rtools的bin目录路径移动到Git、Cygwin等带Unix工具集的路径之前。
• 检查包自定义脚本：确认包根目录下是否存在configure.win、src/Makevars.win或inst目录下的自定义执行脚本，是否有手动编写的cp命令使用了未转义的特殊字符。
• 验证工具链匹配：你使用的R 4.1对应适配Rtools40，确认本地仅安装了匹配版本的Rtools，无多版本Rtools冲突问题。

以上步骤全部排查完成后仍无法解决问题，再向rstudio/rstudio仓库提交issue，提交时附带Sys.which("cp")输出、系统PATH变量输出、本地Rtools与Git版本信息，方便开发人员复现问题。

内容的提问来源于stack exchange，提问作者MCP_infiltrator