如何可靠获取运行中Snakemake工作流状态并实现可编程查询？

你提到的基于--wms-monitor能力自研监控服务的方案，是对应场景下的最优实现方式，核心原因如下：

• 官方原生开放接口，稳定性有保障：不同于--summary、--detailed-summary这类面向终端用户的命令行工具，WMS监控接口是Snakemake明确对外开放的可编程扩展能力，后续版本不会随意限制调用、变更输出格式，兼容性可控，不存在你担心的后续版本无法使用的问题。
• 无锁限制，可获取实时细粒度数据：工作流运行过程中，所有关键事件（工作流启动/结束、单条规则启动/成功/失败、资源占用情况、输出文件状态等）都会主动推送到你自研的监控服务，无需轮询工作目录，也完全不受工作目录锁的影响。
• 天然适配多工作流并行场景：你可以为每个启动的工作流配置唯一标识，随监控请求一起上报，在服务侧直接实现多工作流的状态隔离、聚合查询，无需额外处理不同工作流的目录区分逻辑。

如果暂时没有资源开发完整的监控服务，也可以选择两种过渡方案：

• 调用--summary时添加--nolock参数，强制跳过目录锁检查，该方案仅建议在只读查询场景下使用，不要在修改工作目录内容的场景中添加该参数，避免数据冲突。
• 基于Snakemake内置的onstart/onsuccess/onerror全局钩子，以及规则级别的执行钩子，在关键节点主动向自有应用上报状态，该方案需要修改现有Snakefile代码，适配成本高于--wms-monitor方案。

内容的提问来源于stack exchange，提问作者Farhan Rizwi