如何在ggplot绘制的PCA图中修改点的标记符号？

全局统一修改点样式 #

直接在ggbiplot()函数内添加point.shape参数即可修改所有点的统一形状，参数值对应R语言标准点形状编码：

• 1：空心圆
• 16：实心圆（默认值）
• 17：实心三角形
• 15：实心正方形
• 3：十字符号
• 4：叉号
• 21：带边框的可填充圆

示例代码：

biplot <- ggbiplot(pcobj = PCA,
                   choices = c(1,2),
                   scale = 1,
                   groups = Fdata$Tissue,
                   ellipse = TRUE,
                   point.shape = 17) + 
  geom_vline(xintercept = 0, linetype = 3) +
  geom_hline(yintercept = 0, linetype = 3)

按分组设置不同点形状 #

如果需要不同Tissue分组对应不同的点形状，需要先隐藏默认点图层，再新增自定义点图层做形状映射：

biplot <- ggbiplot(pcobj = PCA,
                   choices = c(1,2),
                   scale = 1,
                   groups = Fdata$Tissue,
                   ellipse = TRUE,
                   point.size = 0) + # 隐藏默认点
  # 新增点图层，将形状、颜色映射到分组变量
  geom_point(aes(shape = groups, color = groups), size = 2) +
  # 自定义每个分组对应的形状，数值个数和你的分组数量保持一致即可
  scale_shape_manual(values = c(16, 17, 15, 8)) +
  geom_vline(xintercept = 0, linetype = 3) +
  geom_hline(yintercept = 0, linetype = 3)

自定义点的附加样式 #

如果需要设置点的边框、透明度、填充色等样式，可以使用支持分开设置填充和边框的形状编码（21-25），示例如下：

biplot <- ggbiplot(pcobj = PCA,
                   choices = c(1,2),
                   scale = 1,
                   groups = Fdata$Tissue,
                   ellipse = TRUE,
                   point.size = 0) +
  geom_point(aes(fill = groups), shape = 21, size = 3, color = "black", alpha = 0.8) +
  geom_vline(xintercept = 0, linetype = 3) +
  geom_hline(yintercept = 0, linetype = 3)

内容的提问来源于stack exchange，提问作者Sonam Tashi