R语言如何删除特定和的丰度列并保留所有元数据列

你原代码的逻辑向量仅对应丰度列的长度，直接用于索引全表列时会被循环匹配，导致靠前的元数据列被误删。以你的示例为例，丰度列共3列，计算得到的筛选逻辑值为FALSE, TRUE, TRUE，循环匹配全表6列时会变成FALSE, TRUE, TRUE, FALSE, TRUE, TRUE，直接删掉了第一列site。

将元数据列和筛选后的丰度列拼接即可，你可以通过定义元数据列数的方式适配不同的数据集结构：

# 示例数据集
site <- c("S1","S2","S3")
lat <- c(30,30,30.1)
long <- c(-43.11,-42.23,-42.10)
sp1 <- c(0,0,0)
sp2 <- c(10,4,9)
sp3 <- c(1,1,2)
x <- data.frame(site,lat,long,sp1,sp2,sp3)

# 核心代码
n_meta <- 3 # 前3列为元数据，若你的数据集前5列是元数据则改为5
keep_abund <- colSums(x[, (n_meta+1):ncol(x)]) > 0
x <- x[, c(1:n_meta, which(keep_abund) + n_meta)]

执行后输出结果和你的预期一致：

site  lat   long sp2 sp3
1   S1 30.0 -43.11  10   1
2   S2 30.0 -42.23   4   1
3   S3 30.1 -42.10   9   2

内容的提问来源于stack exchange，提问作者CuriousDude