R ggplot2绘制NMDS图时DF2图层geom_point的fill参数不生效问题

问题根源 #

你为DF2点图层指定的shape=18（实心菱形）属于无填充属性的基础形状，这类形状的颜色仅由colour参数控制，仅编号为21~25的带边框形状才支持fill（填充色）、colour（边框色）双参数设置，因此你当前写的fill = Order映射不会生效，点默认显示为黑色。

解决方案 #

方案1：更换为支持fill属性的形状（无需额外依赖包） #

将DF2的点形状更换为21~25之间的数值即可，示例调整后的完整代码如下：

ggplot(DF1, aes(x = NMDS1, y = NMDS2)) + 
    geom_point(aes(colour= Deep), size = 3.5, alpha=0.7) + 
    scale_colour_manual(values = c("cyan4", "blue", "orange", "red", "darkgreen")) +
    # 替换shape为21（实心圆带边框），可根据喜好换成22/23/24/25
    geom_point(data = DF2, aes(x=NMDS1, y=NMDS2, fill = Order), size = 2.5, alpha=0.7, shape=21, colour = "gray20") + 
    scale_fill_manual(values = MyPalette20) +
    geom_segment(data = DF2, aes(x = 0, xend=NMDS1, y=0, yend=NMDS2), 
                 arrow = arrow(length = unit(0.25, "cm")),
                 colour = "#CCCCCC",
                 lwd=0.3, linetype="dashed")

如果不需要点边框，直接把colour = "gray20改成colour = NA即可。

方案2：保留shape=18，使用ggnewscale新建颜色标度 #

如果你坚持要用shape=18的菱形样式，由于第一层已经用colour参数映射了Deep字段，需要用ggnewscale包新增独立的颜色标度给DF2的点使用，代码调整如下：
首先安装加载包：

install.packages("ggnewscale")
library(ggnewscale)

调整绘图代码：

ggplot(DF1, aes(x = NMDS1, y = NMDS2)) + 
    geom_point(aes(colour= Deep), size = 3.5, alpha=0.7) + 
    scale_colour_manual(values = c("cyan4", "blue", "orange", "red", "darkgreen")) +
    # 新增颜色标度，后续的colour参数会使用新的标度，不会和第一层冲突
    new_scale_colour() +
    # 将fill改为colour，shape保留18
    geom_point(data = DF2, aes(x=NMDS1, y=NMDS2, colour = Order), size = 2.5, alpha=0.7, shape=18) + 
    # 把scale_fill_manual改为scale_colour_manual
    scale_colour_manual(values = MyPalette20) +
    geom_segment(data = DF2, aes(x = 0, xend=NMDS1, y=0, yend=NMDS2), 
                 arrow = arrow(length = unit(0.25, "cm")),
                 colour = "#CCCCCC",
                 lwd=0.3, linetype="dashed")

内容的提问来源于stack exchange，提问作者abraham