升级macOS/R/RStudio后安装DESeq2出现仓库索引无法访问错误如何解决

你遇到的404报错是因为R4.1对应的官方适配Bioconductor版本为3.14，你本地的BiocManager还在使用已经归档下线的3.13版本源，该版本的源路径已被官方移除，因此无法访问索引文件。其他包安装无异常是因为部分Bioconductor包同时在CRAN有镜像备份，不会调用已失效的3.13源。

方案1：升级Bioconductor到匹配版本（优先推荐） #

1. 先检查当前Bioconductor版本，运行命令：
   BiocManager::version()
2. 如果返回值为3.13，运行以下命令升级到适配R4.1的3.14版本，提示更新依赖包时选择全部更新即可：
   BiocManager::install(version = "3.14")
3. 升级完成后重新安装DESeq2：
   BiocManager::install("DESeq2")

如果升级后仍有访问问题，可以先配置国内公开的Bioconductor镜像再执行安装命令。

方案2：直接从源码安装 #

如果方案1执行失败，可以通过devtools直接拉取DESeq2的官方源码安装：

if (!requireNamespace("devtools", quietly = TRUE))
  install.packages("devtools")
devtools::install_github("mikelove/DESeq2")

内容的提问来源于stack exchange，提问作者Purrsia