三个含4个共同列与1个唯一列的DataFrame合并报错如何解决

pandas的merge方法仅支持单次传入两个DataFrame做合并，你直接传入DF1,DF2,DF3三个参数触发了逻辑歧义，才会返回该报错。

方案1：链式合并（适合少量表合并场景） #

分两次完成合并，先合并前两个表得到临时表，再用临时表和第三个表合并：

# 合并DF1、DF2得到临时表
temp_df = pd.merge(DF1, DF2, on=['BHID','FROM','TO','SAMP ID'], how='inner')
# 临时表和DF3合并得到最终结果
FinalDF = pd.merge(temp_df, DF3, on=['BHID','FROM','TO','SAMP ID'], how='inner')

方案2：reduce批量合并（适合多表扩展场景） #

如果后续可能新增更多同结构DataFrame，用functools.reduce做批量合并更简洁：

from functools import reduce

# 把所有待合并的DataFrame存入列表
df_list = [DF1, DF2, DF3]
# 批量完成多表匹配合并
FinalDF = reduce(
    lambda left, right: pd.merge(left, right, on=['BHID','FROM','TO','SAMP ID'], how='inner'),
    df_list
)

注意：如果不需要仅保留四个字段在三个表中都完全匹配的行，可以把how参数从inner改成outer，即可保留所有匹配到的行，未匹配到的元素列位置自动填充空值。

内容的提问来源于stack exchange，提问作者Michael Ray