如何基于alpha螺旋结构位置叠加两行文本生成指定格式的标注结果

前置注意事项 #

• 你提供的H位点是1起始索引，Python列表默认是0起始，匹配时需要把Python下标+1后再对应H位点
• 最终输出第一行为螺旋标注串，第二行为拼接后的完整氨基酸序列，完全符合你给出的示例格式

完整可运行代码 #

# 1. 直接填入你已有的H位点和氨基酸序列数据
h_positions = {1, 2, 10, 17, 18, 19, 20, 21, 22, 23, 24, 25, 26, 27, 46, 47, 48, 49, 50, 51, 52, 53, 54, 55, 56, 72, 73, 74, 75, 76, 77, 93, 96, 97, 98, 99, 100, 101, 102, 103, 128, 129, 130, 131, 132, 133, 134, 135, 136, 137, 138, 159, 160, 162, 175, 176, 177, 178, 179, 180, 181, 182, 183, 184, 185, 186, 187, 195, 196, 197, 198, 199, 200, 201, 202, 203, 209, 210, 211, 212, 213, 214, 215, 216, 217, 218, 220, 229, 230, 231, 232, 233, 234, 240, 241, 249, 256, 257, 258, 259, 260, 261, 262, 263, 264, 265, 266, 285, 286, 287, 288, 289, 290, 291, 292, 293, 294, 295, 311, 312, 313, 314, 315, 316, 332, 335, 336, 337, 338, 339, 340, 341, 342, 367, 368, 369, 370, 371, 372, 373, 374, 375, 376, 398, 399, 400, 401, 414, 415, 416, 417, 418, 419, 420, 421, 422, 423, 424, 425, 426, 434, 435, 436, 437, 438, 439, 440, 441, 442, 448, 449, 450, 451, 452, 453, 454, 455, 456, 457, 458, 459, 460, 468, 469, 470, 471, 472, 473}
aa_list = ['Q', 'V', 'L', 'A', 'R', 'K', 'W', 'R', 'P', 'Q', 'T', 'F', 'A', 'D', 'V', 'V', 'G', 'Q', 'E', 'H', 'V', 'L', 'T', 'A', 'L', 'A', 'N', 'G', 'L', 'S', 'L', 'G', 'R', 'I', 'H', 'H', 'A', 'Y', 'L', 'F', 'S', 'G', 'T', 'R', 'G', 'V', 'G', 'K', 'T', 'S', 'I', 'A', 'R', 'L', 'L', 'A', 'K', 'G', 'L', 'N', 'C', 'E', 'T', 'G', 'I', 'T', 'A', 'T', 'P', 'C', 'G', 'V', 'C', 'D', 'N', 'C', 'R', 'E', 'I', 'E', 'Q', 'G', 'R', 'F', 'V', 'D', 'L', 'I', 'E', 'I', 'D', 'A', 'A', 'S', 'R', 'T', 'K', 'V', 'E', 'D', 'T', 'R', 'D', 'L', 'L', 'D', 'N', 'V', 'Q', 'Y', 'A', 'P', 'A', 'R', 'G', 'R', 'F', 'K', 'V', 'Y', 'L', 'I', 'D', 'E', 'V', 'H', 'M', 'L', 'S', 'R', 'H', 'S', 'F', 'N', 'A', 'L', 'L', 'K', 'T', 'L', 'E', 'E', 'P', 'P', 'E', 'H', 'V', 'K', 'F', 'L', 'L', 'A', 'T', 'T', 'D', 'P', 'Q', 'K', 'L', 'P', 'V', 'T', 'I', 'L', 'S', 'R', 'C', 'L', 'Q', 'F', 'H', 'L', 'K', 'A', 'L', 'D', 'V', 'E', 'Q', 'I', 'R', 'H', 'Q', 'L', 'E', 'H', 'I', 'L', 'N', 'E', 'E', 'H', 'I', 'A', 'H', 'E', 'P', 'R', 'A', 'L', 'Q', 'L', 'L', 'A', 'R', 'A', 'A', 'E', 'G', 'S', 'L', 'R', 'D', 'A', 'L', 'S', 'L', 'T', 'D', 'Q', 'A', 'I', 'A', 'S', 'G', 'D', 'G', 'Q', 'V', 'S', 'T', 'Q', 'A', 'V', 'S', 'A', 'M', 'L', 'G', 'T', 'V', 'L', 'A', 'R', 'K', 'W', 'R', 'P', 'Q', 'T', 'F', 'A', 'D', 'V', 'V', 'G', 'Q', 'E', 'H', 'V', 'L', 'T', 'A', 'L', 'A', 'N', 'G', 'L', 'S', 'L', 'G', 'R', 'I', 'H', 'H', 'A', 'Y', 'L', 'F', 'S', 'G', 'T', 'R', 'G', 'V', 'G', 'K', 'T', 'S', 'I', 'A', 'R', 'L', 'L', 'A', 'K', 'G', 'L', 'N', 'C', 'E', 'T', 'G', 'I', 'T', 'A', 'T', 'P', 'C', 'G', 'V', 'C', 'D', 'N', 'C', 'R', 'E', 'I', 'E', 'Q', 'G', 'R', 'F', 'V', 'D', 'L', 'I', 'E', 'I', 'D', 'A', 'A', 'S', 'R', 'T', 'K', 'V', 'E', 'D', 'T', 'R', 'D', 'L', 'L', 'D', 'N', 'V', 'Q', 'Y', 'A', 'P', 'A', 'R', 'G', 'R', 'F', 'K', 'V', 'Y', 'L', 'I', 'D', 'E', 'V', 'H', 'M', 'L', 'S', 'R', 'H', 'S', 'F', 'N', 'A', 'L', 'L', 'K', 'T', 'L', 'E', 'E', 'P', 'P', 'E', 'H', 'V', 'K', 'F', 'L', 'L', 'A', 'T', 'T', 'D', 'P', 'Q', 'K', 'L', 'P', 'V', 'T', 'I', 'L', 'S', 'R', 'C', 'L', 'Q', 'F', 'H', 'L', 'K', 'A', 'L', 'D', 'V', 'E', 'Q', 'I', 'R', 'H', 'Q', 'L', 'E', 'H', 'I', 'L', 'N', 'E', 'E', 'H', 'I', 'A', 'H', 'E', 'P', 'R', 'A', 'L', 'Q', 'L', 'L', 'A', 'R', 'A', 'A', 'E', 'G', 'S', 'L', 'R', 'D', 'A', 'L', 'S', 'L', 'T', 'D', 'Q', 'A', 'I', 'A', 'S', 'G', 'D', 'G', 'Q', 'V', 'S', 'T', 'Q', 'A', 'V', 'S', 'A', 'M', 'L', 'G', 'T']

# 2. 生成螺旋标注行
annotate_line = []
for idx in range(len(aa_list)):
    if (idx + 1) in h_positions:
        annotate_line.append('H')
    else:
        annotate_line.append('-')
annotate_str = ''.join(annotate_line)

# 3. 生成氨基酸序列行
aa_str = ''.join(aa_list)

# 4. 输出目标格式结果
print(annotate_str)
print(aa_str)

内容的提问来源于stack exchange，提问作者LucasD