WSL2 Ubuntu20.04编译DAMASK光谱求解器缺失hdf5.mod报错求助

编译时找不到Fortran语言对应的HDF5模块文件hdf5.mod，要么是系统未安装带Fortran支持的HDF5开发库，要么是编译时未正确引入HDF5头文件路径。

• 第一步：安装依赖包
  执行以下命令安装Ubuntu20.04下带Fortran支持的HDF5开发组件：

  sudo apt update && sudo apt install -y libhdf5-dev libhdf5-fortran-102 gfortran
  

• 第二步：查找hdf5.mod文件路径
  执行命令确认模块文件的实际存放路径：

  sudo find /usr -name "hdf5.mod"
  

  正常输出类似/usr/include/hdf5/serial/hdf5.mod，记下来路径中hdf5.mod之前的目录部分，比如上面的路径对应的目录是/usr/include/hdf5/serial。
• 第三步：清理旧的编译缓存
  删除之前编译生成的缓存文件，避免旧配置影响：

  rm -rf ~/damask-2.0.3/build/spectral
  

• 第四步：导入HDF5路径环境变量
  把第二步得到的目录替换到下面命令对应位置后执行：

  export FFLAGS="-I<你查到的hdf5.mod所在目录> $FFLAGS"
  export LDFLAGS="-L/usr/lib/x86_64-linux-gnu/hdf5/serial -lhdf5_fortran $LDFLAGS"
  

  比如你查到的目录是/usr/include/hdf5/serial，第一条命令就是：

  export FFLAGS="-I/usr/include/hdf5/serial $FFLAGS"
  

• 第五步：重新执行编译

  make spectral
  

如果执行上述步骤后仍报错，可检查你安装的PETSc是否开启了HDF5支持，重新编译PETSc时在配置参数中加上--download-hdf5=1即可自动编译带Fortran支持的HDF5并集成到PETSc中，之后再重新编译DAMASK。

内容的提问来源于stack exchange，提问作者fenfam