ggplot2图例标题修改问题：如何将Enrichment_Score改为Enrichment Score

你的代码无法修改图例标题的核心问题是guides()函数中对颜色图例的调用参数错误：你在aes()中映射的是colour = Enrichment_score，且使用了scale_colour_gradientn定义连续颜色渐变，guides()中对应的控制参数应为colour，而非你写的scale_color_gradient。

另外补充两个可优化的细节：

• aes()中不需要额外加数据框名前缀Practice$，ggplot会自动从传入的数据框中读取对应变量，冗余前缀可能导致映射异常
• 你后续调用的theme_bw()会覆盖之前设置的legend.position="bottom"，如果需要保留图例在底部的配置，需要将主题自定义项放在theme_bw()之后

可行修改方案（二选一即可） #

方案1：直接在颜色标度函数中指定标题（更简洁） #

D1 <- ggplot(Practice, aes(case, pathway, 
      colour = Enrichment_score, size = q.value)) +
  geom_point() +
  # 直接在颜色标度中添加name参数修改图例标题
  scale_colour_gradientn(colours = cols, name = "Enrichment Score") +
  scale_size(range = c(1,15), name = "FDR q value")

D1 + ggtitle("Gene Set Enrichment Treg cells") +
  xlab("Case") + 
  ylab("Hallmark Gene Sets") +
  theme_bw() +
  theme(legend.position="bottom")

方案2：修正guides()函数的参数 #

D1 <- ggplot(Practice, aes(case, pathway, 
      colour = Enrichment_score, size = q.value)) +
  geom_point() +
  scale_colour_gradientn(colours = cols) +
  scale_size(range = c(1,15)) +
  guides(size=guide_legend(title = "FDR q value"),
         # 把参数名改为colour和aes中的映射对应
         colour=guide_legend(title = "Enrichment Score"))

D1 + ggtitle("Gene Set Enrichment Treg cells") +
  xlab("Case") + 
  ylab("Hallmark Gene Sets") +
  theme_bw() +
  theme(legend.position="bottom")

内容的提问来源于stack exchange，提问作者holly