CentOS7 HPC集群Rstan编译提示features.h文件不存在问题求助

报错fatal error: features.h: No such file or directory是因为编译时C++编译器无法找到glibc的基础系统头文件，触发原因有两个：

1. 集群加载的GCC模块未自动配置正确的系统头文件搜索路径
2. 作业脚本存在路径错误，且conda R环境的编译配置和集群模块环境冲突

1. 修正作业脚本并补充环境变量配置 #

首先修正脚本中错误的cd命令（你之前cd到了R文件本身而非所在目录），加载模块后手动添加头文件、库文件搜索路径，修改后的脚本如下：

#!/bin/bash
#BSUB -J cmd_stan
#BSUB -P testsecurity
#BSUB -R "span[hosts=1]"
#BSUB -q bigmem
#BSUB -n 3
#BSUB -B
#BSUB -u iverskyliners@hotmail.com
#BSUB -N
#BSUB -o cmd_stan.%J.out
#BSUB -e cmd_stan.%J.err
#BSUB -R "rusage[mem=4000]"

# 加载依赖模块
module load gcc/8.3.0
module load gsl/2.6

# 手动添加系统头文件、库文件搜索路径（CentOS7默认路径，若你的集群路径不同可先执行find / -name "features.h" 2>/dev/null 查找对应路径替换）
export C_INCLUDE_PATH=/usr/include:$C_INCLUDE_PATH
export CPLUS_INCLUDE_PATH=/usr/include:$CPLUS_INCLUDE_PATH
export LIBRARY_PATH=/usr/lib64:$LIBRARY_PATH
export LD_LIBRARY_PATH=/usr/lib64:$LD_LIBRARY_PATH

# 激活conda环境
. "/nethome/mxk841/anaconda3/etc/profile.d/conda.sh"
conda activate r4_Mrt

# 修正路径：进入R脚本所在目录，而非cd到R文件本身
cd /scratch/projects/testsecurity/

R CMD BATCH dglnrt_re_conda.R

2. 配置R编译参数 #

在你的家目录下创建.R文件夹及Makevars配置文件，指定使用集群加载的GCC编译器及搜索路径：

# 登陆节点执行以下命令
mkdir -p ~/.R
cat > ~/.R/Makevars <<EOF
CC = gcc
CXX = g++
CXX11 = g++
CXX14 = g++
CXX17 = g++
CPPFLAGS = -I/usr/include \${CPPFLAGS}
CXXFLAGS = -O2 -march=native \${CXXFLAGS}
LDFLAGS = -L/usr/lib64 \${LDFLAGS}
EOF

3. 排查conda环境冲突 #

不要在conda环境中安装gcc/gxx等编译套件，conda安装的编译器和CentOS7系统适配性差，会和集群加载的GCC模块冲突，执行以下命令卸载conda环境内的编译套件：

# 登陆节点执行
conda activate r4_Mrt
conda uninstall -y gcc gxx libgcc-ng libstdcxx-ng

4. 预编译测试（可选，可提前验证配置是否生效） #

登陆节点加载模块、激活conda环境后，运行简单R测试代码验证编译功能：

# R内执行
library(rstan)
options(mc.cores = 1)
# 测试简单模型
model_code <- '
data {
  int<lower=0> N;
  vector[N] y;
}
parameters {
  real mu;
}
model {
  y ~ normal(mu, 1);
}
'
# 编译模型，不报错即为配置成功
model <- stan_model(model_code = model_code)

内容的提问来源于stack exchange，提问作者Mathmen