R语言基于自定义函数为数据框列表批量新增intragenic列

实现方案 #

符合需求的一行代码 #

你可以直接用lapply遍历列表中的每个数据框，结合你写的flag_annot函数完成新增列操作：

grange_list <- lapply(grange_list, function(df) cbind(df, intragenic = sapply(df$annotation, flag_annot)))

如果需要结合你提到的annotation列提取方法和mapply实现，写法如下：

grange_list <- mapply(cbind, grange_list, intragenic = lapply(lapply(grange_list,'[',,'annotation'), function(x) sapply(x, flag_annot)), SIMPLIFY = FALSE)

更简洁的优化写法 #

其实不需要单独自定义函数也可以实现需求，直接用向量化匹配，代码更简洁运行效率更高：

grange_list <- lapply(grange_list, function(x) transform(x, intragenic = as.integer(grepl("UTR|Intron|Exon", annotation, ignore.case = T))))

运行后列表里的每个数据框都会新增intragenic列，annotation列包含UTR/Intron/Exon任意一种的取值为1，其余为0。

内容的提问来源于stack exchange，提问作者moth