R ggplot2 针对计数聚合数据绘制分组箱线图的代码调整问题

解决方案 #

你添加weight参数后得到空白图通常由两个原因导致：一是聚合后的数据集长度列名和原代码里y = sequenceLength不匹配；二是你使用的ggplot2版本低于3.3.0，旧版本geom_boxplot不支持weight参数。以下是两种可选实现方式：

方式一：最小修改绘图代码（无需调整数据结构） #

仅需修改ggplot的aes参数部分，其余所有绘图配置完全保留原有代码即可：

for_sequence_length_distribution_plot <- ggplot(for_sequence_length_distribution, aes(fill = read,
                                        group = interaction(sample, state, read),
                                        x = sample,
                                        y = length, # 若聚合后长度列仍为sequenceLength则无需修改本行
                                        weight = count)) + # 新增权重映射
# 以下geom_boxplot、coord_flip、坐标轴设置、分面、主题等所有代码完全复用原有逻辑即可
geom_boxplot(inherit.aes = T,
               size = 0.25,
               outlier.shape = NA,
               alpha = .9,
               trim = F,
               width = 5
               ) +
   coord_flip() +
   xlab('sample id') +
   ylab('sequence length [bp]') +
   facet_grid_paginate(facets = ~sub_id~state, ncol = 2, nrow = row_count, scales = 'free', shrink = F, byrow = T) +
   theme( plot.title = element_text(hjust = 0, lineheight = 0.9),
       plot.subtitle = element_text(hjust = 0, lineheight = 0.9),
       axis.title.x = element_text(margin = margin(t = 1, r = 1, b = 1, l = 1, unit = 'line')),
       strip.text.y = element_blank(),
       plot.tag.position = "bottomleft",
       plot.tag = element_text(hjust = 0, vjust = 0, lineheight = 0.9),
       plot.caption = element_text(hjust = 0, lineheight = 0, face = "italic"),
       plot.caption.position = "panel",
       legend.position = "bottom",
       legend.box = 'horizontal')

注意使用该方式前先将ggplot2升级到3.3.0及以上版本，避免权重参数不兼容。

方式二：零修改绘图代码，提前转换数据结构 #

如果不想改动已经调试好的绘图代码，只需要加一行数据预处理代码，将聚合后的计数结构还原为原始逐行观测结构：

library(tidyr)
# count为你记录出现次数的列名，转换后的数据结构和你最初的逐行存储结构完全一致
for_sequence_length_distribution <- uncount(for_sequence_length_distribution, count)

转换完成后直接运行你原来的绘图代码即可，输出结果和之前完全一致。

内容的提问来源于stack exchange，提问作者pwolk