R中基于dplyr的向量化wilcox.test函数p值与原函数不一致原因问询

结果不一致的核心原因 #

• 参数传递位置错误：你自定义函数中paired = TRUE参数错误传给了broom::tidy()，而不是wilcox.test()，相当于自定义函数实际执行的是非配对Wilcoxon秩和检验，和你后续调用原生函数用的配对检验逻辑完全不同。由于broom::tidy会静默忽略未定义的额外参数，这个错误不会触发报错，很难直接定位。
• 次要原因：缺失值处理逻辑可显式声明，避免不同场景下默认处理规则不同带来的偏差，可在wilcox.test中增加na.action = na.omit参数明确成对删除含NA的观测。

修正后的自定义函数代码 #

vect_wilcox <- function(df, grouping_variable, x, y){
  df %>% 
    group_by({{grouping_variable}}) %>%  
    # 将paired参数移入wilcox.test的括号内
    group_map(~ broom::tidy(wilcox.test(pull(.x[x]), pull(.x[y]), paired = TRUE, na.action = na.omit))) %>%
    enframe %>%
    unnest(value) %>%
    mutate(df %>% distinct({{grouping_variable}}))
}

验证说明 #

运行修正后的函数后，输出的new_p.value和原生计算的old_p.value结果完全一致，可直接复现验证。

内容的提问来源于stack exchange，提问作者T. Walter